La Jolla Cove fica no coração da Reserva Ecológica do Parque Subaquático San Diego-La Jolla, uma zona marinha protegida estabelecida em 1971 que abrange 6.000 acres de floresta de algas, recifes rochosos e habitat de canais arenosos. A reserva proíbe toda a pesca e extração, permitindo que peixes-rocha, garibaldis, tubarões-leopardo e leões-marinhos da Califórnia prosperem com uma visibilidade que rotineiramente excede 15 pés durante as manhãs calmas de verão. A própria enseada formou-se ao longo de milénios, à medida que a ação das ondas esculpia falésias de arenito em sete grutas marinhas distintas, criando passagens acessíveis apenas na maré baixa. O snorkel em San Diego La Jolla atrai mais de 300.000 visitantes a cada ano, a maioria chegando entre junho e setembro, quando as temperaturas da água atingem 65–70°F e a ressurgência sazonal traz florescimento de plâncton que alimenta a cadeia alimentar. A colónia de leões-marinhos da Califórnia que se instala na praia e nas rochas circundantes conta entre 150 e 250 indivíduos, dependendo dos ciclos de reprodução; as crias nascidas em viveiros offshore frequentemente juntam-se aos adultos nas águas rasas até ao final do verão. Mergulhadores e praticantes de snorkel partilham a água com tubarões-cornudos que se abrigam sob as saliências, raias que deslizam sobre a areia e cardumes de peixes blacksmith que pairam acima do dossel das algas. A topografia subaquática cai de poças de maré com profundidade ao nível do joelho para um canal de areia com 30 pés de profundidade a 100 jardas da costa. As algas gigantes ancoram-se ao substrato rochoso a 20 pés, os seus estipes erguem-se para formar um dossel flutuante que oscila com as ondas. O garibaldi, peixe marinho estatal da Califórnia, defende territórios entre as fixações, exibindo as suas escamas laranja enquanto os praticantes de snorkel passam por cima. A visibilidade atinge o pico no outono após a diminuição das ondas de verão, embora as manhãs antes das 11:00 ofereçam consistentemente condições mais claras durante todo o ano. Os operadores de turismo guiado de snorkel em San Diego La Jolla partem de La Jolla Shores, uma praia arenosa uma milha a norte da enseada, remando caiaques ao longo das falésias antes de ancorar em bolsas protegidas para praticar snorkel. Estas expedições acedem às entradas da Clam's Cave e Sunny Jim Cave, locais de descanso de leões-marinhos em marcadores de boias e margens de florestas de algas onde tubarões-leopardo descansam na areia entre estruturas de recife. O estatuto de não extração da reserva reconstruiu populações de peixes a densidades nunca vistas ao longo do resto da costa de San Diego, tornando a enseada uma referência viva para a recuperação marinha.