La Jolla Cove si trova nel cuore della riserva ecologica San Diego-La Jolla Underwater Park, una zona marina protetta istituita nel 1971 che si estende su 6.000 acri di foresta di kelp, barriera corallina e habitat a canale sabbioso. La riserva proibisce ogni tipo di pesca e raccolta, permettendo a scorfani, garibaldi, squali leopardo e leoni marini della California di prosperare in una visibilità che supera regolarmente i 15 piedi durante le calme mattine estive. La cala stessa si è formata nel corso dei millenni mentre l'azione delle onde ha scavato le scogliere di arenaria in sette distinte grotte marine, creando passaggi nuotabili accessibili solo con la bassa marea. Lo snorkeling a San Diego La Jolla attira più di 300.000 visitatori ogni anno, la maggior parte dei quali arriva tra giugno e settembre quando le temperature dell'acqua raggiungono i 65–70°F e la risalita stagionale fornisce fioriture di plancton che alimentano la catena alimentare. La colonia di leoni marini della California che si riposa sulla spiaggia e sulle rocce circostanti conta tra i 150 e i 250 individui a seconda dei cicli riproduttivi; i cuccioli nati nelle colonie al largo spesso si uniscono agli adulti nelle acque basse entro la fine dell'estate. I subacquei e gli amanti dello snorkeling condividono l'acqua con squali corno che si rifugiano sotto le sporgenze, razze pipistrello che scivolano sulla sabbia e banchi di pesci damigella che si librano sopra la volta di kelp. La topografia sottomarina scende da pozze di marea profonde fino al ginocchio a un canale sabbioso profondo 30 piedi a 100 metri dalla riva. Il kelp gigante si ancora al substrato roccioso a 20 piedi, i suoi stipiti si innalzano per formare una volta galleggiante che oscilla con l'onda. I garibaldi, pesci marini dello stato della California, difendono i territori tra i tratti di ancoraggio, mostrando le loro squame arancioni mentre chi fa snorkeling passa sopra di loro. La visibilità raggiunge il picco in autunno dopo che le mareggiate estive si sono placate, sebbene le mattine prima delle 11:00 offrano costantemente condizioni più chiare tutto l'anno. Gli operatori turistici che guidano lo snorkeling a San Diego La Jolla partono da La Jolla Shores, una spiaggia sabbiosa un miglio a nord della cala, pagaiando con kayak lungo le scogliere prima di ancorare in insenature protette per fare snorkeling. Queste spedizioni accedono agli ingressi della Clam's Cave e della Sunny Jim Cave, ai punti di riposo dei leoni marini sui segnali di boa e ai margini della foresta di kelp dove gli squali leopardo riposano sulla sabbia tra le strutture della barriera corallina. Lo status di 'no-take' della riserva ha ricostruito le popolazioni di pesci a densità mai viste lungo il resto della costa di San Diego, rendendo la cala un punto di riferimento vivente per il recupero marino.