La Jolla Cove se trouve au cœur de la réserve écologique sous-marine de San Diego-La Jolla, une zone marine protégée établie en 1971 qui s'étend sur 6 000 acres d'habitat de forêts de varech, de récifs rocheux et de chenaux sableux. La réserve interdit toute pêche et récolte, permettant aux sébastes, aux garibaldi, aux requins-léopards et aux otaries de Californie de prospérer dans une visibilité qui dépasse régulièrement les 15 pieds (4,5 mètres) lors des matins d'été calmes. La crique elle-même s'est formée au fil des millénaires alors que l'action des vagues a sculpté des falaises de grès en sept grottes marines distinctes, créant des passages à la nage accessibles uniquement à marée basse. La plongée en apnée à San Diego La Jolla attire plus de 300 000 visiteurs chaque année, la plupart arrivant entre juin et septembre lorsque la température de l'eau atteint 18–21°C et que les remontées d'eau saisonnières apportent des efflorescences de plancton qui nourrissent la chaîne alimentaire. La colonie d'otaries de Californie qui se repose sur la plage et les rochers environnants compte entre 150 et 250 individus selon les cycles de reproduction ; les chiots nés dans les colonies au large rejoignent souvent les adultes dans les eaux peu profondes vers la fin de l'été. Les plongeurs et les snorkelers partagent l'eau avec des requins dormeurs cornus s'abritant sous les rebords, des raies chauves-souris glissant sur le sable et des bancs de castagnoles noires qui planent au-dessus de la canopée de varech. La topographie sous-marine passe de bassins de marée peu profonds à un chenal de sable de 30 pieds (9 mètres) de profondeur à moins de 100 yards (90 mètres) du rivage. Le varech géant s'ancre sur un substrat rocheux à 20 pieds (6 mètres), ses stipes s'élevant pour former une canopée flottante qui se balance avec la houle. Les garibaldi, poisson marin emblématique de Californie, défendent leurs territoires parmi les crampons, faisant scintiller leurs écailles orange à mesure que les snorkelers passent au-dessus. La visibilité culmine en automne après que la houle estivale s'apaise, bien que les matins avant 11h00 offrent systématiquement des conditions plus claires tout au long de l'année. Les opérateurs d'excursions guidées de plongée en apnée à San Diego La Jolla partent de La Jolla Shores, une plage de sable située à un mile au nord de la crique, en pagayant en kayak le long des falaises avant de jeter l'ancre dans des poches protégées pour plonger. Ces expéditions permettent d'accéder aux entrées de Clam's Cave et de Sunny Jim Cave, aux zones de repos des otaries sur les balises, et aux lisières des forêts de varech où les requins-léopards se reposent sur le sable entre les structures récifales. Le statut de zone sans prélèvement de la réserve a permis aux populations de poissons de retrouver des densités inégalées sur le reste du littoral de San Diego, faisant de la crique une référence vivante de la restauration marine.