La Jolla Cove se encuentra en el corazón de la Reserva Ecológica del Parque Subacuático de San Diego-La Jolla, una zona marina protegida establecida en 1971 que abarca 6,000 acres de bosque de algas, arrecifes rocosos y hábitat de canales arenosos. La reserva prohíbe toda pesca y recolección, permitiendo que el pez roca, el garibaldi, los tiburones leopardo y los leones marinos de California prosperen en una visibilidad que supera rutinariamente los 15 pies durante las tranquilas mañanas de verano. La cala en sí se formó durante milenios a medida que la acción de las olas tallaba acantilados de arenisca en siete cuevas marinas distintas, creando pasajes para nadar accesibles solo con la marea baja. El esnórquel en San Diego La Jolla atrae a más de 300,000 visitantes cada año, la mayoría llegando entre junio y septiembre cuando las temperaturas del agua alcanzan los 65–70°F y el afloramiento estacional aporta floraciones de plancton que alimentan la cadena alimentaria. La colonia de leones marinos de California que sale a la playa y a las rocas circundantes cuenta con entre 150 y 250 individuos dependiendo de los ciclos de reproducción; las crías nacidas en los roquedales mar adentro a menudo se unen a los adultos en las aguas poco profundas a finales del verano. Los buceadores y practicantes de esnórquel comparten el agua con tiburones cornudos que se refugian bajo las repisas, rayas murciélago que se deslizan sobre la arena y bancos de castañuelas negras que se ciernen sobre el dosel de algas. La topografía submarina desciende desde pozas de marea poco profundas hasta un canal de arena de 30 pies de profundidad a menos de 100 yardas de la orilla. El alga gigante se ancla al sustrato rocoso a 20 pies, sus tallos se elevan para formar un dosel flotante que se balancea con el oleaje. El garibaldi, pez marino estatal de California, defiende territorios entre las bases, mostrando sus escamas naranjas mientras los nadadores pasan por encima. La visibilidad alcanza su punto máximo en otoño después de que disminuyen las marejadas de verano, aunque las mañanas antes de las 11:00 ofrecen consistentemente condiciones más claras durante todo el año. Los operadores turísticos de esnórquel guiado en San Diego La Jolla salen desde La Jolla Shores, una playa de arena una milla al norte de la cala, remando en kayaks a lo largo de los acantilados antes de anclar en ensenadas protegidas para practicar esnórquel. Estas expediciones acceden a las entradas de Clam's Cave y Sunny Jim Cave, a los lugares donde descansan los leones marinos en las boyas y a los bordes del bosque de algas donde los tiburones leopardo descansan en la arena entre las estructuras de los arrecifes. El estatus de reserva de no extracción ha reconstruido las poblaciones de peces a densidades nunca vistas a lo largo del resto de la costa de San Diego, convirtiendo a la cala en un punto de referencia vivo para la recuperación marina.