La Jolla Cove liegt im Herzen des San Diego-La Jolla Underwater Park Ecological Reserve, einer geschützten Meereszone, die 1971 gegründet wurde und 6.000 Hektar Seetangwald, felsige Riffe und sandige Kanäle umfasst. Das Reservat verbietet jegliches Fischen und Ernten, was es Felsenbarschen, Garibaldi, Leopardenhaien und kalifornischen Seelöwen ermöglicht, in einer Sichtweite zu gedeihen, die an ruhigen Sommermorgen regelmäßig 15 Fuß überschreitet. Die Bucht selbst entstand über Jahrtausende hinweg, als die Brandung Sandsteinklippen in sieben markante Meereshöhlen formte und Durchgänge schuf, die nur bei Ebbe schwimmend zugänglich sind. Das Schnorcheln in San Diego La Jolla zieht jedes Jahr mehr als 300.000 Besucher an, die meisten kommen zwischen Juni und September, wenn die Wassertemperaturen 65–70°F erreichen und saisonales Auftriebswasser Planktonblüten liefert, die die Nahrungskette ernähren. Die Kolonie der kalifornischen Seelöwen, die sich am Strand und auf den umliegenden Felsen ausruht, umfasst je nach Brutzyklus zwischen 150 und 250 Tiere; Jungtiere, die in vorgelagerten Brutstätten geboren werden, schließen sich oft bis zum Spätsommer den Erwachsenen im flachen Wasser an. Taucher und Schnorchler teilen sich das Wasser mit Hornhaien, die unter Felsvorsprüngen Schutz suchen, über Sand gleitenden Stechrochen und Schwärmen von Blacksmith-Riffbarschen, die über dem Seetangdach schweben. Die Unterwassertopografie fällt von knietiefen Gezeitentümpeln bis zu einem 30 Fuß tiefen Sandkanal innerhalb von 100 Yards vom Ufer ab. Riesiger Seetang verankert sich in 20 Fuß Tiefe am felsigen Untergrund, wobei seine Stiele aufsteigen und ein schwimmendes Blätterdach bilden, das mit der Strömung schwingt. Garibaldi, der staatliche Meeresfisch Kaliforniens, verteidigt Reviere zwischen den Haftorganen und zeigt seine orangefarbenen Schuppen, während Schnorchler über sie hinwegschwimmen. Die Sichtweite erreicht im Herbst ihren Höhepunkt, nachdem die sommerlichen Dünungen nachlassen, obwohl die Morgenstunden vor 11:00 Uhr das ganze Jahr über konstant klarere Bedingungen bieten. Geführte Schnorcheltouren in San Diego La Jolla starten von La Jolla Shores, einem Sandstrand eine Meile nördlich der Bucht, paddeln mit Kajaks entlang der Klippen, bevor sie in geschützten Buchten ankern, um zu schnorcheln. Diese Expeditionen erreichen die Eingänge von Clam's Cave und Sunny Jim Cave, Seelöwen-Liegeplätze an Bojenmarkierungen und die Ränder des Seetangwaldes, wo Leopardenhaie zwischen Riffstrukturen auf dem Sand ruhen. Der Schutzstatus des Reservats hat die Fischpopulationen auf Dichten ansteigen lassen, die an der übrigen Küste von San Diegos nicht zu sehen sind, was die Bucht zu einem lebendigen Maßstab für die Erholung der Meeresumwelt macht.